Первая православная обитель за Байкалом, в долине реки Селенги, — Свято-Троицкий Селенгинский мужской монастырь, основан в 1681 году по указу царя Федора Алексеевича, направившего в «Сибирские Дауры» на Селенгу миссию из 12 человек во главе с игуменом Феодосием. Им было поручено выбрать место за Байкалом и основать обитель и храм во имя Пресвятой Троицы «для призвания неверных в православную христианскую веру».
Уже 31 января 1684 года был освящен первый соборный храм Живоначальной Троицы, а в мае 1685 года завершилось строительство второй церкви на территории монастыря — в честь святителя Николая Мирликийского. Троицкий монастырь стал опорой российской власти на восточных рубежах империи и выполнял не только большую миссионерскую задачу, но и играл важную военную роль.
По поручению патриарха Иоакима и Тобольского митрополита Павла игумену Феодосию было поручено «принять в свое владение все церкви и священнослужителей, существовавших в даурских степях». Монастырь активно участвовал в освоении земель Забайкалья, давая поселившимся на его землях крестьянам ссуду скотом, хлебом, деньгами и прочим. Монастырь также селил на своих землях «новокрещенных иноземцев — бурят и эвенков, которые также пользовались покровительством крупнейшей на дальневосточных рубежах православной обители.
Троицкий монастырь активно содействовал распространению христианства среди местного населения. Отсюда отправлялись миссии в Китай, поддерживались связи с православными церквами в Пекине.
XVIII век — время расцвета Свято-Троицкого Селенгинского монастыря. Но после реформы 1764 года его владения были резко сокращены. Осталось только 90 десятин пахотной и сенокосной земли, мельница, а также рыболовные угодья — озеро Котокель с впадающими в него речками. С 30-х годов XIX века Троицкая обитель стала третьеклассным монастырем, которому по штату полагалось, кроме настоятеля, 12 человек. В конце XIX века здесь проживало до 25 монахов.
Среди инородцев особенно почитался Святитель Николай Мирликийский, сыгравший особую роль в распространении православия среди местного населения. Инородцы питали к Святителю, которого называли «Саган-Убкугун», то есть «белый (седой) старик», или по-русски, но на свой лад — «батюшка Михола», глубокое благоговение.
В Прибайкальском крае, где было распространено чествование чудотворных икон Святителя Николая, особо почитался Котокельский образ Святителя Николая. Образ был резной, из дерева, и являлся главной святыней Свято-Троицкого Селенгинского монастыря.
Название свое образ получил от озера Котокиль, с островом того же имени, недалеко от Туркинских минеральных вод и Байкала, в Селенгинском округе, по Баргузинскому тракту.
Когда и кем был вырезан этот образ святителя и чудотворца, и откуда принесен, неизвестно.
Образ Святителя Николая явился на острове Котокиль в 1780-х годах.
Один из жителей Баргузина проезжал в зимнее время чрез озеро Котокель, где в то время была зимняя дорога, со своим десятилетним сыном. На острове они расположились переночевать. Упомянутый отрок, выйдя из зимовья, увидел вдали свет подобно горящей свече. Возвратившись в зимовье, он сказал о виденном им свете родителю, который с удивлением и недоверием, поскольку остров был по необитаем, вышел из зимовья и увидел то же самое. Желая удостовериться, пошел к свету, виденному ими. Не дойдя до того места увидели, что свет этот скрылся. Но они продолжали идти по направлению к месту виденного света и дошли до пня, на котором стояла икона Святителя Николая резной работы, без киота.
Передается и другой рассказ об обретении иконы. Баргузинские купцы Новиковские и Черновы, ехавшие в зимнее время по Байкалу, сбились с дороги, потому что поднялась вьюга, долго блуждали и уже потеряли надежду отыскать путь, как неожиданно выехали на Катокиль, к монастырскому Зимовью. Они еще раньше видели на утесе огонек, как бы от горящей свечи, который светился, несмотря на ветер и вьюгу. Прибыв на остров, купцы поспешно отправились с монастырскими людьми на то место, где светился огонек и обрели икону Святителя Николая Чудотворца. Икона эта была небольшая: изображение Святителя было резным, в правой руке Святитель Николай держал церковь, а в левой меч, как на Можайском чудотворном Образе, в фелони. По всем признакам, изображение было весьма древнее. Перед ним горела свеча.
С благоговением приняли Баргузинцы святую икону и с радостью поспешили с нею в Баргузин, где торжественно были встречены клиром церковным и всем населением. Но Святитель Николай недолго оставался здесь своею святою иконою. Икона оказалась снова на Катокиле.
После первого возвращения иконы жители Баргузина, собравшись, прибыли на место её явления на Катокиль с тем, чтобы унести святую икону. Подняли ее из часовни с острова и не мало отойдя, остановились на отдых, икону же поставили в стороне на камне. Когда собрались идти дальше, иконы не оказалось на камне. Возвратившись на Катокиль, нашли икону там. После прилежной, со слезами, молитвы и обещания возвратить икону обратно, подняли и беспрепятственно донесли ее до Баргузина.
Долгое время икона пребывала в часовне на острове Котокиль, но когда остров запустел, явленый чудотворный образ был перенесен в монастырь.
Сохранились известия о несколько чудесах Святителя Николы Котокельского.
В 1874 г. в Баргузинском округе до половины лета было бездождие и засуха; жители, по вере своей, просили поднять святую икону Николая чудотворца. Как только это было исполнено, Святитель послал Баргузинцам утешение: прошли дожди и, несмотря на то, что польза от них была запоздалая, в то лето был у них обильный урожай.
В это время случилось еще одно событие. В г. Баргузине был доктор, который видя радостные и усердные приготовления горожан к встрече иконы Святителя Николая, произнес неприличные слова об иконе. Вскоре после этого он застрелился…
В 1880 г. Зырянского селения Батуринской волости крестьянин Георгий Седунов с 17-летним сыном промышляли в октябре белку близ Байкала, имели общий шалаш для ночлега. Они ходили врозь, и сын заблудился и не мог найти шалаша, проходил до темноты, изнемогший более от страха, чем от усталости, уснул на земле, покрытой уже снегом. Родитель его тщетно искал. На утро сын пошел опять и напал на человеческие следы, по ним дошел до оставленного шалаша, но там ничего не было, чтобы утолить голод. Он хотел, отдохнувши, возвратиться по своим прежним следам, но снег их занес, и он остался, надеясь, что кто-нибудь из зверовщиков придет; но эта надежда исполнилась только чрез 7 дней. Он отощал до полного изнеможения и хотел покончить с собою, но пришла помощь Святителя Николая! Его мать, терзаемая страхом, молилась Святителю. Проносили его образ, и мать пропавшего поспешила за ним: усердно молилась, отслужила молебен и обещала проводить святую икону до Горяченского селения, что составляло в один конец более 100 верст. В этот самый час охотники набрели на занесенный снегом шалаш и услышали движение в нем. Юноша был спасен. Когда мать увидела сына, которого считала погибшим, она немедленно исполнила данное Святителю Николаю обещание. Сын её сопутствовал иконе от Баргузина до Троицкой обители, где говел и причастился Святых Таин.
В 1884 г. в Баргузинском округе появилось саранча в таком множестве, что стала истреблять все посевы, траву, даже кустарники. Начальство распорядилось, чтобы жители расставили солому по степи, чтобы саранча собиралась на солому, которую затем жгли. Но саранча не уменьшалась. Тогда благочестивые Баргузинские жители, не раз видевшие помощь Святителя Николая, послали в монастырь за иконой. После этого саранча стала уходить в леса, Байкал — и совсем исчезла!
В 1887 г. во время хождения со святою иконою по Баргузинскому округу, в селении Сувинском иеромонах при иконе, отслужив молебен в одном доме, заметил женщину, бывшую среди других, не подошедшую прикладываться и спросил о причине; ему сказали, что у неё отнялись ноги и она не может сама ходить. Иеромонах вместе с другими подвел ее к святыне и предложил хозяину взять у него бальзаму — помазать на ночь больной ноги, но за суетою народа забыл дать бальзам. На утро-же больная могла ходить!
В том же 1887 году когда приближались со святою иконою Святителя и Чудотворца Николая к городу, жители Баргузина готовились к встрече. «Мы также были рады этому, — так рассказывало семейство Артемовых, жившие на съемной квартире у Граниных, — «желая отслужить в занятом помещении молебен Святителю, стали мыть и убирать комнаты, что видя, хозяйка Гранина с недовольством стала нам выговаривать и с презрением выражаться об иконе Святителя. Но мы поревновали за святую икону, настояли отслужить молебен и съехали с квартиры. Вскоре после этого Гранина поехала к мужу на прииски и едва не утонула в реке, дала обещание отслужить молебен Святителю. Икону в это время унесли обратно. Муж её отслужил молебен в Баргузинском храме».
До революции ни один православный сибиряк не решился бы перед началом и после окончания плавания по Байкалу пройти или проехать мимо обители и не поклониться чудотворному образу святителя Николая, который почитался лучшим защитником и помощником на воде. При том, как свидетельствовал современник: «Буряты, как соседние, так и дальние, не уступают русским в горячности своей веры». Раньше, до революции, был обычай обносить чудотворный образ по Забайкалью, вплоть до границы с Монголией. Буряты «приглашают чудотворный образ в свои улусы, усердно готовятся к его принятию, метут свои юрты, моют нары, и при принятии его помещают в особое, отведенное для него, почетное место, ставят перед ним свечи, кланяются и молятся перед ним, называя Святителя батюша Михола». Причем, это делали как крещеные, так и некрещеные буряты буддийской и шаманской веры.
В 1918 году монастырские угодья были национализированы, монастырь лишился и права рыбной ловли на Котокеле. После революции чудотворный образ еще был в Свято-Троицком монастыре. Монастырь был закрыт в 1921 году. Православные верующие питают надежду на то, что чудотворный образ Святителя Николая вернется на своё историческое место в Свято-Троицкий Селенгинский монастырь.